Elisa is een eenzame, zwijgende schoonmaakster die werkt in een zwaar beveiligd overheids laboratorium tijdens de Koude Oorlog in de jaren 60. Ze ontdekt een geheim experiment: een mysterieus, amfibisch wezen dat gevangen wordt gehouden in het laboratorium. Elisa ontwikkelt een intieme, diepe band met het wezen, gedreven door wederzijds begrip en liefde, wat haar ertoe aanzet een gedurfd plan te smeden om hem te bevrijden. The Shape of Water is een reflectie op de zoektocht naar menselijkheid in het ongewone, maatschappelijke outsiders en de worsteling om gezien en gehoord te worden.